Saat pertama kali didirikan pada tahun 1999, Pondok Pesantren Tanwirul Afkar bernama Nurul Nidhom yang didirikan di Dusun Wadang Desa Tempel Kecamatan Krian Sidoarjo Jawa Timur. Nurul Nidhom diambil dari nama tempat pesantren saat Pendiri Pertama kali berguru yaitu Pesantren Nidhomiyah dengan harapan bisa meneruskan perjuangan guru yang telah memberikan ilmu.

Ketika memasuki tahun 2004 nama pondok berubah menjadi “Tanwirul Qulub” karena dirasa terlalu dalam makna yang datang dalam dzikir, maka disebutlah nama menadi “Tanwirul Afkar” yang bermakna terangnya pikiran. Dengan harapan setiap yang ingin belajar di Pondok akan mendapatkan pikiran yang terang bersumber dari hati yang terang.

Pada tahun 2013 Pondok Pesantren menerima ijin pendirian Yayasan Tanwirul Afkar yang secara resmi terdaftar di Kementrian Hukum dan HAM dengan nomor AHU-2708.AH.01.04.tahun 2013. Dan pada tahun 2013, Dinas Pendidikan Sidoarjo meresmikan SMP Islam Tanwirul Afkar yang berlokasi di area Pondok.